一、菠蘿蛋白酶在食品工業的應用
1、焙烤食品：將菠蘿蛋白酶加入生麵團中，可使麵筋降解，生麵團被軟化后易於加工。並能提高餅乾與麵包的口感與品質。
2、乾酪：用於乾酪素的凝結。
3、肉類的嫩化：菠蘿蛋白酶將肉類蛋白質的大分子蛋白質水解為易吸收的小分子氨基酸和蛋白質。可廣氾地應用於肉制品的精加工。
4、菠蘿蛋白酶在其它食品加工業中的應用:有人已經用菠蘿蛋白酶來增加豆餅和豆粉的PDI值和NSI值，從而生產出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、穀類食物和飲料。其它還有生產脫水豆類、嬰儿食品和人造黃油；澄清蘋果汁；製造軟糖；為病人提供可消化的食品；給日常食品添味等。
二、菠蘿蛋白酶在醫藥、保健品業的應用
1、抑制腫瘤細胞的生長
經相關臨床研究觀察表明，菠蘿蛋白酶能抑制腫瘤細胞的生長。
2、對心血管疾病的防治
菠蘿蛋白酶作為蛋白水解酶對心血管疾病的防治是有益的。它能抑制血小板聚集引起的心臟病發作和中風, 緩解心絞痛症狀,緩和動脈收縮, 加速纖維蛋白原的分解。
3、用於燒傷脫痂
菠蘿蛋白酶能選擇性地除 皮, 使新皮移植得以儘早進行。動物實驗証明, 菠蘿蛋白酶對鄰近的正常皮膚無不良影響。局部使用抗生素不影響菠蘿蛋白酶的效果。
4、消炎作用
菠蘿蛋白酶在各種組織中能有效地治療炎症和水腫(包括血栓靜脈炎、骨骼肌損傷、血腫、口腔炎、糖尿病人潰瘍及運動損傷)，菠蘿蛋白酶具有激活炎症反應的潛力。菠蘿蛋白酶還可治療腹瀉。
5、增進藥物吸收
將菠蘿蛋白酶與各種抗生素(如四環素, 阿莫西林等)聯用, 能提高其療效。相關研究表明, 它能促進抗生素在感染部位的傳輸, 從而減少抗生素的用藥量。據推斷, 對於抗癌藥物, 也有類似的作用。此外，菠蘿蛋白酶能促進營養物質的吸收。
三、菠蘿蛋白酶在美容化妝品業中的應用
菠蘿蛋白酶具有嫩膚、美白去斑的優異功效。
基本作用原理：菠蘿蛋白酶可作用於人體皮膚上的老化角質層，促使其退化、分解、去除，促進皮膚新陳代謝，減少因日晒引起的皮膚色深現象。使皮膚保養呈現良好白嫩狀態。
四、菠蘿蛋白酶制劑在飼料中的應用
將菠蘿蛋白酶加入飼料配方或直接混合在飼料中，可以大大提高蛋白質的利用率和轉化率，並能開發更廣的蛋白源，從而降低飼料成本。
